樱美林学园创立于1946年，前身是清水安三先生于1921年在北京创办的崇贞学园（现北京市陈经纶中学）。当时，中国北方饥荒肆虐，苦不堪言。为了收留无家可归的儿童，清水先生建立了“受灾儿童收留站”，2年后他创办的“崇贞学园”通过讲课与传授手工艺使他们掌握一技之长，其家长也仿效着做起了小买卖。清水先生在中国从事教育事业长达25 年，由于日本战败他返回日本。此后，他在东京创办了“樱美林学园”。学校虽然从中国迁回日本，但清水先生的基督教精神的建学理念，即培养有教养的国际型人才的建学精神依然未变，并继承至今。樱美林学园从只有24名学童的北京崇贞学园起步，经过90年历史的考验，已成长壮大。今天，樱美林学园拥有幼儿园、初中、高中、大学、研究生院，在校学生超过1万人。为进一步加深对中国文化的理解，普及中文教育，2005年，樱美林学园和中国政府携手合作，设立了樱美林大学孔子学院。